Studium minulosti zdravotní a sociální péče ve městě představuje rozsáhlou a vědecky cennou kapitolu, která skrze studium archivních pramenů odkrývá nejen vývoj medicínské organizace, ale i přesný obraz společenských a sociálních poměrů. Přestože se v archivech města dochovaly kvalitní dokumenty o dějinách obce, soustavná evidence otázek zdravotnictví v dřívějších dobách často absentovala a materiály nebyly vždy ukládány způsobem, který by si tato problematika zasluhovala.
První konkrétní záznamy o zajištění péče pocházejí ze 14. století, kdy se podpora týkala jen velmi malé části obyvatelstva a nemocní byli odkázáni na veřejnou dobročinnost, církevní řády nebo cechy, které však pečovaly primárně o své vlastní příslušníky. Roku 1320 založil měšťan a sladovník Zacharias za přispění krále Jana Lucemburského špitál Svatého Václava, umístěný při výjezdu z města na písecké silnici, kde byla poskytována pomoc nejnuznějším občanům. V dobové terminologii se pro podporu chudých užívalo výrazů Seelbäder a Seeltücher, což znamenalo poskytnutí koupele a roucha, přičemž v pozdějších obdobích byly tyto dávky nahrazovány spíše chlebem či pivem.
S hospodářským rozvojem města rostl počet nadací, z nichž nejstarší zajistil roku 1373 obuvník Heyndl trvalým přínosem půl kopy grošů na svém domě. Archivy dokládají řadu dalších darů, například řezníka Nikolause v roce 1405, vdovy Kateřiny Königové v roce 1415, která financovala dvě koupele pro chudé, či soukeníka Jörga v roce 1435. Městské účty z roku 1497 vykazovaly příjmy pro chudé v rozmezí 25 až 35 kop grošů, ačkoliv část těchto prostředků byla v roce 1531 využita k nákupu livrejí pro městské sluhy u příležitosti zemského sněmu za přítomnosti krále Ferdinanda. V polovině 16. století se měšťané začali zbavovat povinnosti přispívat chudým platbou na takzvaný Pischant, jehož správce se zavazoval kupovat oblečení a chléb. Zásadní otřes v sociální stabilitě města přinesla třicetiletá válka a katastrofální požár Českých Budějovic v roce 1641, což vedlo k všeobecnému zbídačení měšťanstva a nárůstu žebroty. Na tuto situaci reagoval král Karel VI. patentem ze 17. ledna 1724 o zřizování dobročinných institucí, který nařizoval odvádět veškeré dary do pokladny chudých spravované komisí. Základem městského chudinského fondu, který přetrval až do roku 1918, se staly tři hlavní odkazy: dar měšťana Hirsche z roku 1616, vdovy Anny Lorencové z roku 1618 a Elišky Zachoinové z roku 1717. Fond byl od roku 1771 spravován samostatně a doplňován sbírkami i odkazy, jako byl dar provazníka Martina Dauského z roku 1770, který věnoval 600 zlatých na čtvrtletní nákup chleba a soli pro nejchudší.
Ve druhé polovině 18. století se pod vlivem osvícenských reforem Marie Terezie a Josefa II. formovala modernější péče, přestože až do roku 1848 chyběl všeobecně platný systém. Roku 1767 vznikl v domě č. 285 v Hradební ulici první chudobinec s nemocnicí, který v roce 1773 zakoupil měšťan Josef Stifter a v němž byli ošetřováni jak nemajetní, tak platící pacienti. V městském rozpočtu se nemocnice poprvé objevuje roku 1793 s budovou v hodnotě 400 zlatých, přičemž zajímavým zdrojem příjmů byl od roku 1798 i poplatek za zapůjčování pohřebního vozu.
Výrazný posun v profesionalizaci správy přinesla činnost městského úředníka a archiváře Matěje Václava Klaudiho, který uspořádal městský archiv, sepsal kroniku a začal shromažďovat kapitál pro výstavbu nové nemocnice. Přestože jeho návrhy z roku 1812 byly původně odmítnuty, nakonec byl v roce 1824 na vlhkém terénu za Vídeňskou branou, v místech dnešní hlavní pošty, zahájen projekt stavitele Bednaříka. Budova byla slavnostně otevřena 4. října 1829 s celkovými náklady 18 918 zlatých a ve dvou podlažích nabízela pracovny chovanců, byt ošetřovatelek a celkem pět místností pro nemocné. Roku 1850 se ústav transformoval na všeobecnou veřejnou nemocnici a kapacita se zvýšila na 24 lůžek, což bylo v roce 1859 potvrzeno i ministerským dekretem.
Lékařský stav v 18. a 19. století vykazoval specifické rysy, zejména v systému odměňování městských fyziků, kteří kromě hotovosti pobírali rozsáhlé naturální dávky. Dr. Franz Eybt pobíral roku 1784 plat 250 zlatých, příplatek na byt a náhradu za vykrmené prase. Jeho nástupce Dr. Janda, působící v letech 1799 až 1842, dostával deputát zahrnující pšenici, žito, ječmen, hrách, 120 žejdlíků sádla (cca 42 litrů), sůl, cent kaprů, 48 liber štik, 30 sáhů dřeva a 4 sudy piva. Snahy o zavedení poplatků od měšťanů za ošetření (10 grošů) či recepty (20 grošů) byly v roce 1799 zamítnuty. Po smrti Dr. Jandy nastoupil Dr. Franz Polak, který ve městě praktikoval 48 let a spolu s Dr. Vincencem Fuhrmanem tvořil od roku 1844 dvojici systemizovaných městských lékařů. Do jejich kompetence spadala péče o vězně, chudé pocestné a provádění prohlídek rekrutů. Vedle nich působili městští chirurgové-ranhojiči, jako byli Anton Plha, Michael Kraus či Josef Huss, přičemž jejich povinností bylo bezplatné ošetřování chudých i v okolních 19 obcích. Josef Huss, který zemřel v roce 1899, byl posledním placeným ranhojičem v historii města.
V druhé polovině 19. století byla nemocnice rozšiřována přístavbami staviteli Kneislem roku 1864 a dalšími roku 1873, čímž ústav získal kapli, kuchyni a nové pokoje vybavené železnými postelemi. V roce 1878 byla lékařská místa řádně systematizována s platem 400 zlatých pro primáře a 200 zlatých pro pomocného lékaře. Koncem 19. století se však poloha nemocnice ve Vídeňské ulici stala neudržitelnou kvůli hlučné železnici a nárůstu pacientů z 800 v roce 1890 až na 1 700 v roce 1912. Městská rada se roku 1906 usnesla na výstavbě nového areálu, jehož stavba byla zahájena 25. ledna 1911 nákladem 1 126 780 korun. Výsledkem byla moderní dvouposchoďová budova vybavená elektrickým výtahem, rentgenem, operačními sály a samostatným infekčním pavilonem. Nová nemocnice zahájila provoz v listopadu 1913 se 159 lůžky. Během první světové války se kapacita rozšířila na 400 lůžek a k roku 1938 dosáhla 535 lůžek v pěti odborných odděleních, čímž byl položen základ modernímu zdravotnickému systému, který ročně obsluhuje statisíce pacientů.
